目前，我国的建筑市场尚不发达，施工企业普遍缺乏对建筑工程施工合同管理的正确认识。很多承包商签订了工程合同，片面强调工程的进度和质量管理，对合同管理缺乏全面的认识，往往因为合同意识淡薄、合同条款不明确或不完备等问题引发纠纷，导致在施工过程中处于被动的局面，甚至产生严重违约，同时索赔又无据可依，承受了经济损失。
不重视合同管理体系和制度建设
一些建设项目不重视合同管理体系的建设。合同归口管理、分级管理和授权管理机制不健全，谁都可以签合同，合同管理程序不明确，或有制度不执行，该履行的手续不履行，缺少审查和评估步骤。缺乏对合同管理的有效监督和控制。
少数合同有失公正
合同文件存在合同双方权利、义务不对等现象。从目前实施的建设施工合同文本看，施工合同中绝大多数条款是对发包方制定的，其中大多强调了承包方的义务，对业主的制约条款偏少，特别是对业主违约、赔偿等方面的约定不具体，也缺少行之有效的处罚办法。这不利于施工合同的公平、公正履行，成为施工合同执行过程中发生争议较多的一个原因。同时，由于目前建筑市场的激烈竞争和不规范管理，大量的施工队伍与建设规模严重失衡，致使业主在建设工程承包中占据主导地位，提出一些苛刻和不平等的条件，将自身的风险转移到承包商身上。由于建筑市场处于买方市场，承包商为了获得工程，只好接受。
“阴阳合同”引起的纠纷
在建设工程招投标中，有的业主出于自身利益的考虑，在工程招标前，提出一些苛刻的条件和不平等条约，要求投标单位私下进行承诺，签订与中标合同的工程价款等主要内容不一致的合同，承包方为了获得项目，只好忍气吞声、委曲求全。但多数情况下，双方在履约过程中意见分歧较大，造成合同纠纷，直接影响合同的履行。
合同价款引起的纠纷
合同签订过于简单，许多涉及补价的项目由于合同不明确，工程竣工结算时无法补价：一些合同虽然条款比较齐全，但内容只作原则性约定，不够具体和明确，特别是缺乏对违约责任的具体约定，或对违约责任约定过于简单而产生合同纠纷，造成施工企业不能及时得到补偿。违约责任的约定直接反映出该合同的质量如何，也直接决定了该合同能否顺利执行。
合同纠纷产生的原因，一方面是当前的建筑市场仍不够规范，相关法律法规仍不健全，市场交易中业主与施工企业的地位不平等，部分工程承包存在违法或违规的行为，另一方面是对合同签订的实际条件没有远瞻性，没有在合同中明确实际条件如果发生变化的解决方案。但更重要的是，施工企业的法制观念淡薄，合同法律意识不强，基本上没有事前把合同管理纳入经营管理范畴，没有对索赔管理工作给予应有的重视，等到发生合同纠纷的时候，才临时研究合同有关条款，设计补救方案。因此，加强建设工程施工合同的管理是施工企业在市场竞争中生存发展的必修课。
健全管理机构体制
加强工程招投标管理，建立与工程量清单相配套的工程管理制度、合同管理制度。已经出台了招投标法，并全力推行工程量清单报价体制。但在招标形式和方法上要兼顾业主和承包商的双方利益，过份追求招标过程的严格、完善，并不能达到招标的效果。建议在招标形式上应该重视原则，突出效果。同时，在工程量清单计价法推广实施后，没有新的计价办法配合相应的合同管理模式，使得招投标所确定的工程合同价在实施过程没有相应的合同管理措施。建议尽快研究相应配套措施和管理办法，健全体制，完善操作。
提高管理人才的素质
专业人才缺乏也是影响建设项目合同管理效果的一个重要因素。建设合同涉及内容多，专业面广，合同管理人员需要有一定的专业技术知识、法律知识和造价管理知识。在很多建设项目管理机构中，没有专业技术人员管理合同，或合同管理人员缺少培训，将合同管理简单地视为一种事务（下转第22页）（上接第126页）性工作。甚至有的合同领导直接敲定由一般办公人员办理合同。一旦发生合同纠纷，缺少法律支援。
注重合同细节管理
施工合同纠纷多数情况下源于价款结算方式的纠纷，如工程款如何拨付，设计变更单价如何审定，停工窝工造成的损失如何计算、材料价格异常变动的处理办法等。这需要甲乙双方有远瞻性，尽量在合同中把此类问题的解决方案具体化，尽量避免给结算方式留下盲点。当施工过程中发生设计变更或停工窝工，施工合同中又无明确表达时，应及时签订补充协议，避免日后发生纠纷。如笔者所在地的某道路工程，招标时要求采用商品混凝土，为赶工期，经施工企业与业主商量决定将商品混凝土改成现浇混凝土，但未办理任何相关的协议变更手续。因此，工程竣工结算时引起了价格纠纷。如果事前甲乙双方能达成一致意见，以补充协议的形式予以明确，可避免后期的纠纷，取得事半功倍的效果。
健全法律体系
加强承发包双方对合同的法律认识。通过深入贯彻《中华人民共和国建筑招标投标法》，通过不断的宣传、学习培训，使合同的承发包双方切实认识到法律是保障施工合同顺利实施，保护双方合法权益的工具，是走向市场经济中科学管理的坦途和桥梁。
加强施工合同索赔管理工作
我国工程承包双方在合同履行中对工程索赔认识不足，缺乏推行工程索赔所需的意识和动力。因此，提高索赔意识是承包商亟待解决的问题。施工合同是索赔的依据，索赔则是合同管理的延续。合同管理索赔要求承包商在签订合同时要充分考虑各种不利因素，分析合同变更和索赔的可能性，采取有效的合同管理策略和索赔策略；在合同整个履行过程中，要随时结合施工现场实际情况，结合法律法规进行分析研究，以合理履行合同，这不仅有利于保护自己的合法权益。更重要的是有利于企业尽快适应国际工程建设规范，提高企业未来生存能力。
当前，我国建筑市场走向招标承包竞争机制的时间还不长，无论是甲方还是乙方，对合同的编制和管理经验均不够丰富，再加上国内相关法律法规还不够健全，因此，更应加强合同索赔管理。利用一切合理的理由进行索赔而得到经济补偿，也是较高管理水平方面的体现。